Dalam menjalankan tugas pokok dan fungsi yang telah ditetapkan. Badan Penghubung Daerah Provinsi Papua mengacu pada struktur organisasi berdasarkan Peraturan Daerah Nomor 69 Tahun 2016 yaitu:
Struktur Organisasi Badan Penghubung Daerah Provinsi Papua
Kepala Badan
Badan Penghubung Daerah Provinsi Papua dipimpin oleh seorang Kepala Badan, dibantu oleh Sub Bagian Umum, dan 3 (tiga) Sub Bidang.
Sub Bagian Umum
Melaksanakan urusan administrasi kepegawaian, keuangan, perencanaan umum dan perlengkapan rumah tangga badan.
Sub Bidang Hubungan Antar Lembaga
Mengkoordinasi penyelenggaraan hubungan antar lembaga baik dalam hubungan pusat dan daerah maupun dengan pihak International dan swasta sesuai ketentuan peraturan dan perundangan yang berlaku.
Sub Bidang Fasilitasi Promosi dan Kerjasama Daerah
Melakukan pengaturan, fasilitasi dan pelaksanaan fasilitasi promosi dankerja sama antar daerah.
Sub Bidang Pelayanan Pimpinan
Melakukan koordinasi pelayanan informasi dan pembinaan masyarakat Provinsi Papua yang berada di Jakarta dan sekitarnya.
Kelompok Jabatan Fungsional
Keberhasilan pelaksanaan tugas Badan Penghubung Daerah Provinsi Papua dalam mencapai visi, misi dan tujuan yang telah ditetapkan dalam Rencana Strategis sangat dipengaruhi oleh lingkungan strategis baik internal maupun eksternal.
Beberapa kondisi inernal dan eksternal yang berpengaruh terhadap pencapaian visi, misi, dan tujuan Badan Penghubung Daerah antara lain:
- Lingkungan Internal
- Dukungan dan komitmen penuh dari Kepala Badan Penghubung dalam mewujudkan visi, misi dan tujuan Badan Penghubung Daerah Provinsi Papua,
- Adanya pembagian tugas dan fungsi yang jelas,
- Kompetensi staf yang terus menerus di tingkatkan melalui pelatihan dan bimbingan teknis,
- Meningkatnya komitmen staf dalam melaksanakan tugas,
- Meningkatnya penggunaan perangkat berbasis teknologi untuk mengelola, melaksanakan dan menginformasikan kegiatan pengawasan intern.
Disamping lingkungan internal yang mendukung pencapaian visi, misi dan tujuan tersebut diatas, terdapat juga tantangan yang harus dihadapi Badan Penghubung Daerah yaitu antara lain :
- Sistem dan prosedur kerja yang belum sepenuhnya dilaksanakansesuai SOP
- Sarana dan prasarana yang kurang memadai dibandingkan dengan jumlah staf yang ada sehingga tidak sebanding dengan beban tugas yang dikerjakan,
- Belum sepenuhnya melakukan analisis kebutuhan dalam memperoleh sumber daya dan perangkat.
- Lingkungan Eksternal
Lingkungan eksternal yang mendukung adalah :
- Komitmen pemerintah untuk menyelenggarakan negara yang bersih, tertib dan bertanggung jawab (good govermance and clean goverment),
- Birokrasi yang dituntut makin profesional dalam melayani publik,
- Nilai – nilai kepantasan dan moral.