Secara geografis Kabupaten Mappi terletak pada posisi 5010’0” Lintang Utara- 7030’0” Lintang Selatan dan 138030’0” Bujur Barat – 140010’0” Bujur Timur, dengan luas wilayah sekitar 28.518,63 km2(setara dengan 2.851.632,84 hektar).
Wilayah Kabupaten Mappi terbagi menjadi 15 (lima belas) wilayah distrik. Kabupaten Mappi sebagian besar terdiri dari dataran rendah dan berawa-rawa permanen yang ditutupi oleh hutan sagu dan nipah dengan tingkat kemiringan 0%- 8,0% yang mencakup sekitar 70% luas wilayah, serta hamparan savana yang luas, dataran tinggi berbukit dan berbatu dapat ditemukan di arah Utara wilayah Kabupaten Mappi atau daerah pedalaman- wilayah bukit berbatu yang ditutupi hutan hujan tropis dengan tingkat kemiringan 5% – 12% yang mencakup sekitar 30% luas wilayah.
Topografi dan Iklim
Wilayah Kabupaten Mappi terletak di ketinggian antara 0,0 m – 100,0 m dari permukaan laut (mdpl). Kabupaten ini memiliki 9 Daerah Aliran Sungai (DAS), terdiri dari 14 Sungai, dengan Sungai Digul sebagai sungai terpanjang (sekitar 180 km) yang bermuara di Laut Arafura. Dengan demikian, Kabupaten Mappi merupakan kawasan yang didominasi oleh kawasan perairan, yang terdiri dari kawasan rawa-rawa, perairan sungai, dan laut. Dari 14 sungai yang ada, terdapat 3 sungai besar yang pertemuan arus-nya dapat menimbulkan arus besar yang dikenal oleh masyarakat sebagai ‘kepala arus’ yang merupakan potensi untuk pengembangan pariwisata.
Kondisi iklim di seluruh wilayah Kabupaten Mappi tergolong iklim tropis, dengan perbedaan kondisi yang cukup signifikan antara musim kemarau dengan musim hujan. Musim hujan umumnya terjadi antara bulan Desember sampai dengan April, dengan curah hujan berkisar antara 1.500 mm- 2.014 mm per-bulan. Musim kemarau relatif lebih pendek dari musim hujan, dan umumnya terjadi antara bulan Mei sampai dengan November, sehingga sangat dipengaruhi oleh kondisi monsoon tenggara yang terbawa oleh udara kering Australia. Sebagaimana umumnya kawasan hujan tropis, pada musim kemarau rata-rata curah hujan mencapai kurang lebih 60mm per-bulan.
Secara umum, rata-rata curah hujan di Kabupaten Mappi mencapai sekitar 2.522 mm/tahun, dengan suhu minimum tercatat antara 240C- 27°C dan maksimum antara 32°C-340C, dan tingkat kelembaban udara antara 78% – 81%. Jenis struktur tanah yang mayoritas berupa jenis alluvial, hidromorf kelabu, kompleks-lithosol-renzina, padsolik, dan gambut dengan tekstur yang umumnya terdiri dari pasir (sand), debu (silt), dan tanah liat (clay).Struktur tanah sedemikian memberikan harapan untuk peningkatan pertanian dan perkebunan. Struktur tanah yang dimaksud adalah alluvial terdapat di Distrik Nambioman Bapai dan Edera, pozzolith merah kuning terdapat di Distrik Edera, Obaa dan Citak mitak, organosol terdapat di Distrik Nambioman Bapai, Obaa, Citak Mitak dan hidromorf kelabu terdapat di Distrik Nambioman Bapai, Edera dan Citak Mitak.